با وجود اینکه کتابخانه های دیجیتال چندین سال است که پا به عرصه وجود نهاده است، کتابخانه های ایران هنوز نتوانسته اند در دیجیتال کردن منابع خود پیشرفتی حاصل کنند ... در زیر مشکلات و مسائلی که مانع ایجاد این نوع کتابخانه می شود آمده است:

چالشها و مسائل کتابخانه ها برای ایجاد کتابخانه دیجیتالی
دسته‌بندیهای مختلفی از چالشهای کتابخانه دیجیتالی توسط سایر پژوهشگران و مؤسسات انجام شده است. نیکولسون  (Nicholson,1995) مشکلات مدیریت کتابخانه دیجیتال را در پنج دسته عمده طراحی، سازماندهی، کارکنان، راهبری و کنترل و نظارت ارائه کرد و کارکنان برنامه کتابخانه ملی دیجیتالی کتابخانه کنگره ‍Library of congress,2008)) نیز چالشهای کتابخانه دیجیتال را در پنج گروه کلی با 10 چالش به عنوان زیر مجموعه به شرح زیر دسته‌بندی کرده‌اند:
• ساخت منابع:
1. توسعه فناوری پیشرفته برای دیجیتال سازی منابع آنالوگ.
2. طراحی ابزار جستجو و بازیابی برای جبران نارساییهای فهرست‌نویسی ناقص یا اطلاعات توصیفی ناکارآمد.
3. طراحی ابزارهایی که کارایی فهرست‌نویسی و اطلاعات توصیفی منابع را از طریق مشارکت کاربران افزایش دهد.
• کارکرد متقابل:
1. ایجاد پروتکلها و استانداردهایی برای یکپارچه سازی آسان کتابخانه‌های دیجیتالی توزیع شده.
• مالکیت فکری:
1. ملاحظات قانونی در خصوص دسترسی، نسخه‌برداری و نشر منابع فیزیکی و دیجیتالی.
• دسترسی کارآمد:
1. دسترسی همزمان به منابع دیجیتالی و فیزیکی.
2. گسترش رویکردهایی برای ارائه منابع ناهمگن به روش منسجم.
3. مفیدسازی کتابخانه ملی دیجیتالی برای جوامع مختلف استفاده کننده با هدفهای مختلف.
4. ارائه ابزار کارآمد و انعطاف‌پذیر برای تبدیل محتوای دیجیتالی به منابع مناسب برای رفع نیازهای کاربران نهایی.
• ماندگاری منابع:
1. گسترش الگوهای اقتصادی برای پشتیبانی از کتابخانه ملی دیجیتالی.
دیدگاه‌ها و دسته‌بندی پژوهشگران از چالشهای کتابخانه‌های دیجیتالی نشان داد به جز نیکلسون، کمتر به جنبه‌های مدیریتی کتابخانه‌های دیجیتالی بویژه حوزه نگرشی آن، پرداخته شده است. از نوع دسته‌بندیها می‌توان دریافت با وجود عمومیت برخی از مشکلات و چالشهای کتابخانه دیجیتالی، مواردی نیز وجود دارد که برخی از کشورها بیشتر به آنها مبتلا بوده‌اند. بر این اساس در این مقاله، چالشها با توجه به مسائل و چالشهای موجود در ایران ـ که به نظر می‌رسید مدیران و کتابداران با آنها مواجه هستند ـ در پنج مقوله به شرح زیر ارائه، تحلیل و در نهایت راهکار رفع آن پیشنهاد شده است.
• چالشها و مسائل حوزه نگرشی کتابخانه‌های دیجیتالی
• چالشها و مسائل حوزه نیروی انسانی کتابخانه‌های دیجیتالی
• چالشها و مسائل حوزه ساخت مجموعه دیجیتالی
• چالشها و مسائل تجهیزات و دستگاه‌های دیجیتال‌سازی
• چالشها و مسائل حوزه حفاظت و نگهداری